بخش تحقيقات خاك و آب فعاليت خود را از سال 1361 در قالب مركز تحقيقات كشاورزي، منابع طبيعي استان يزد شروع نمود. در طي اين مدت به عنوان نمونه كتاب سيماي طبيعي استان يزد نوشته آقاي دكتر عطاالله قباديان با كمك چند تن از كارشناسان و كمك كارشناساني كه بعداً در بخش تحقيقات خاك و آب مركز يزد مشغول به خدمت شدند، عرضه گرديد. در ادامه، ادارة خاكشناسي يزد از طرف مؤسسه خاكشناسي از سال 1365 تاسيس و به دنبال آن با پيگيري مسئولين وقت استان، به همراه دیگر بخش­های تحقیقات مرتبط با کشاورزی در قالب مركز تحقيقات كشاورزي فعاليت هاي تحقيقاتي و از سال 1382 با ادغام مركز تحقيقات كشاورزي و مركز تحقيقات منابع طبيعي و امور دام و تشكيل مركز تحقيقات كشاورزي و منابع طبيعي، بخش تحقيقات خاك وآب همچنان به فعاليت خود ادامه مي‌دهد. در حال حاضر دو نفر هيأت علمي، دو نفر كارشناس آزمايشگاه و یک نفر کارشناس آزمایشگاه به صورت نیروی شرکتی در اين بخش مشغول خدمت هستند. بخشی از فعاليت‌ هاي اين بخش در راستاي سياست­‌هاي سازمان تحقيقات، مؤسسه تحقيقات خاك و آب و نيز بخش اجرا  به شرح زیر است:

1- فعالیت در مجموعه پروژه­های به روز رسانی سند ملی آب به منظور تعیین دقیق نیاز آبی گیاهان باغی و زارعی و همکاری با موسسه تحقیقات خاک و آب در  ارایه سامانه خبره نیاز آبی برای استان یزد (از سال 1396) در راستای ارتقای بهره وری آب کشاورزی

2- ارایه برنامه نیاز آبی و الگوی کشت مناسب گیاهان باغی و زراعی با توجه به محدودیت­های موجود استان یزد در قالب طرح جامع خشکسالی بر اساس سفارش سازمان جهاد کشاورزی استان یزد

3- مطالعات شناسایی منابع آلوده­کننده اراضی کشاورزی به عناصر سنگین در جهت تولید محصول سالم

4- مطالعات در خصوص اثر مواد محرک رشد گیاهی بر کاهش خسارت ناشی از خشکی انار و کاهش خسارت ناشی از شوری در پسته

5- طرح­های پژوهشی بهينه­سازي عملكرد كيفي و كمي خيار گلخانه­ای، بررسي وضعيت تجمع نيترات در ميوه خيار گلخانه‌اي استان يزد، اثر بسترهاي مختلف كاشت در كشت خيارسبز گلخانه­اي در استان يزد

6- کارشناسی کاربری اراضی به منظور تعیین قابلیت اراضی استان 

7- نظارت و پایش کود و همکاری با کمیته کود استان

8- مطالعات پایش خاک و آب در قالب طرح از سال 1398 تاکنون و نیازسنجی پایش آب و خاک اراضی کشاورزی استان در سال 1401 به صورت موردی با توجه به بحران شدید کیفیت خاک و آب در راستای فعالیت­های موسسه تحقیقات خاک و آب

9- انتقال تجارب مربوط به پایش کیفیت آب استان یزد و همکاری با موسسه تحقیقات خاک و آب در بررسی کیفیت آب سیستان در قالب طرح تحقیقاتی "مطالعات خاکشناسی تکمیلی، تناسب اراضی، مدیریت آبشویی، اصلاح اراضی، و  ارتقاء حاصلخیزی خاک طرح 46 هزار هکتاری دشت سیستان"

10- ثبت کود به عنوان یکی از آزمایشگاه­های مرجع کود کشور

11- ارایه راهکارهای مدیریتی در خصوص آب، خاک و تغذیه گیاهی در  قالب مباحث آزمایشگاهی به کشاورزان و باغداران توسط کارشناسان بخش تحقیقات خاک و آب استان یزد

12- آموزش بیش از 20 کارآموز در مقطع لیسانس در سه سال اخیر متنهی به سال 1400

13- همکاری با ستاد هوشمندسازی کشاورزی در قالب ثبت اطلاعات مکان مبنای محصولات زراعی و باغی استان

14- نظارت بر ایده­های ارایه شده توسط شرکت­های فناور استان یزد فعال در حوزه آب