بخش تحقيقات اصلاح و تهيه نهال و بذر،  تقريبا همزمان با تاسيس مركز تحقيقات كشاورزي استان يزد، يعني در سال 1363 با 5 نفر پرسنل (يك نفر كارشناس، دو نفر تكنسين و دو نفر باغبان) آغاز بكار كرد. در حال حاضر اين بخش در ساختماني به مساحت 450 متر مربع و با 14 نفر پرسنل شامل، دو نفر هيئت علمي، 5 نفر كارشناس تحقيقاتي، ‌3 نفر تكنسين و كمك كارشناس و 4 نفر نيروي خدماتي مي باشد كه در پنج زير بخش بانك ژن، باغباني، غلات، علوفه و ثبت و گواهي. بذر فعاليت دارند. اهم شرح وظايف اين بخش بشرح زير مي‌باشد. :

- اجراي طرحهاي تحقيقاتي به منظور بدست آوردن ارقام جديد نباتات زراعي و درختان مثمره  با شرايط اقليمي و نياز منطقه

- اجراي طرحهاي تحقيقاتي به منظور تعيين نيازمنديهاي زراعتي نباتات

- اجراي طرحهاي تحقيقاتي جهت تعيين مقاومت ارقام مختلف نباتات زراعي و درختان مثمره به شوري، خشكي و ساير شرايط نامطلوب آب و هوايي

- انجام امور مربوط به حفظ و كنترل كيفيت و خلوص بذر

- همكاري در اجراي طرحهاي تحقيقاتي ملي

بخش تحقيقات اصلاح و تهيه نهال و بذر تاكنون بيش از 120 طرح تحقيقاتي روي محصولات عمده زراعي و باغي ( گندم، جو، يونجه، سورگوم، انار، بادام، پسته و خرما‌) انجام داده است و در سال زراعي 84-83 نيز 33 طرح مصوب در دست اجراء دارد. مسئوليت ايستگاه تحقيقاتي مركز بعهده اين بخش مي‌باشد. همچنين آزمايشگاه بذر واحد بوجاري اين بخش نيز با امكانات نسبتا خوب فعال مي‌باشد.

از جمله فعاليتهاي عمده اين بخش توليد بذور پرورشي 1، 2 و 3 و ارسال بذور پرورشي 2 و3 برخي از ارقام به ساير مراكز تحقيقاتي استانها و  نظارت بر تهيه، توليد و فراوري بذور مادري و گواهي شده گندم و جو در استان مي‌باشد. اين بخش در سال زراعي جاري علاوه بر توليد حدود 2000  تن بذر گواهي شده و مادري، بر توليد 35 تن بذور پرورشي گندم  و جو نيز نظارت داشته داشته است.