مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان یزد، با یک بخش تحقیقات تحت عنوان اداره خاکشناسی یزد در سال 1361 تاسیس شد و در سال 1365 با سه بخش تحقیقات خاک و آب، تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر و تحقیقات آفات و بیماری‌های گیاهی، فعالیت خود را ادامه داد. پس از ادغام وزارتین جهاد سازندگی و کشاورزی، مرکز تحقیقات فعلی از اواسط سال 1382 شکل گرفت، که حاصل تجمیع دو مرکز تحقیقات کشاورزی و مرکز تحقیقات منابع طبیعی و امور دام استان بود. مرکز آموزش جهاد کشاورزی یزد نیز فعالیت خود را از سال 1365 در زمینه آموزش کارکنان و به‌سازی هرم نیروی انسانی سازمان جهاد سازندگی استان یزد آغاز کرد. نهایتا این مرکز با ادغام "مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی استان یزد" و "مرکز آموزش جهاد کشاورزی یزد" در مهرماه 1393 با هدف هماهنگی بیشتر بین تحقیقات و آموزش و چابک‌سازی تشکیلات و خدمات بهتر علمی و آموزشی تشکیل شده است